FLET fue fundada en 1968 como el brazo educacional de Ministerios LOGOI para el enriquecimiento bíblico y espiritual del liderazgo evangélico en Latinoamérica.
A principios del año 2000, se hicieron cambios en las políticas académicas y financieras. Desde ese año la Universidad FLET ofrece todos sus programas académicos con crédito académico.
A partir del año 2004, la Universidad FLET funciona como una institución educativa independiente de LOGOI.
Más de 70,000 pastores y líderes de diferentes denominaciones han estudiado con FLET para predicar el Evangelio de Jesucristo e impactar al mundo.